CelLink：弱い特徴連結性と不均衡な細胞集団を伴う単一細胞マルチオミクスデータの統合

概要

CelLinkは、弱い特徴連結・不均衡集団でも統合可能な最適輸送に基づく多段階パイプラインで、信頼性の低い対応を除外し誤差伝播を抑える。ベンチマークでデータ混合、多様体保持、特徴推定が優れ、空間プロテオミクスからの転写像推定を独自に可能にし、空間的内分泌生物学を支援する。

主要発見

• 正規化・平滑化と、非対応細胞の動的除外を備えた多段階の最適輸送パイプラインを提示し、弱い連結と不均衡集団に対応。
• scRNA-seq、空間プロテオミクス、CITE-seqのベンチマークで、データ混合、多様体保持、特徴推定で既存法を上回る。
• 空間プロテオミクスからの転写プロファイル推定を可能にし、空間トランスクリプトミクス解析や誤ラベル補正を支援。

臨床的意義

方法論的研究だが、内分泌臓器の細胞地図の精度向上により、標的探索、サブタイプ注釈、疾患過程（例：膵島自己免疫、甲状腺癌微小環境）の空間的理解を促進する。

限界

• 性能はパラメータ設定やデータ前処理に依存し得る。
• 主に計算的検証であり、推定特徴の実験的検証は限定的。

今後の方向性

膵島・甲状腺・下垂体のアトラスへの適用や摂動データの統合、推定の不確実性評価の開発と前向きな実験検証を進める。