ウイルス適応度と免疫回避を高めるSARS-CoV-2サブゲノムRNAの出現

概要

SARS-CoV-2で収斂的に進化した新規TRSがサブゲノムRNA（C末端欠損Nを含む）を産生し、I型IFN拮抗により複製を促進することを示しました。これらのRNAレベルの革新はAlpha/Gamma/Omicronなど複数系統で生じ、アミノ酸置換を超える機能的進化層を明らかにします。

主要発見

• 複数系統でSpikeおよびEnvelope上流に新規TRSが収斂的に出現。
• B.1.1系統とVOCに広く存在するN内neo-TRSはC末端欠損NのsgRNAを生じ、I型IFNを拮抗して適応度を高める。
• TRS消失とNコード変異で表現型が異なり、RNAレベルの機能進化を示唆。

臨床的意義

新規TRS出現のゲノム監視、TRS/sgRNAを標的とした治療戦略の検討、スパイク変異のみでは変異株リスクを評価しきれない点を示唆します。

限界

• ヒト体内での直接的意義は推測で、臨床転帰との関連は未提示。
• 各neo-TRSの感染伝播への定量的影響はモデリングされていない。

今後の方向性

TRS/sgRNA特性を変異株リスク評価に組み込み、TRS依存転写阻害薬の開発、neo-TRS出現と重症度・感染性の縦断的関連解析を進める。