ResMicroDb：ヒト呼吸器マイクロバイオームの包括的データベースと解析プラットフォーム

概要

ResMicroDbは、標準化した分類学的プロファイルと丁寧にキュレートされたメタデータとともに、514プロジェクト・106,464検体の呼吸器マイクロバイオームデータを統合した。11,908の微生物–疾患関連と、構成可視化・類似検索・横断解析ツールを備え、大規模比較研究の再現性向上に資する。

主要発見

• 標準化パイプラインと32項目の手動メタデータを用いて、514プロジェクト・106,464検体を統合。
• 132件の症例対照研究から11,908件の微生物–疾患関連を収載。
• 構成可視化・サンプル類似検索・コホート横断解析の3種の統合ツールを提供。

臨床的意義

標準化された横断比較により、呼吸器疾患に関連する微生物シグネチャーの同定が加速し、診断やマイクロバイオーム介入の開発に寄与する。

限界

• 由来研究・測定基盤の異質性により、標準化後もバッチ効果が残存し得る。
• 横断データ中心で臨床メタデータの深度が一定でないため、因果推論には限界がある。

今後の方向性

縦断データやメタゲノミクス・メタボロミクス等の多層オミクス、標準化臨床表現型を組み込み、因果モデル化と橋渡し応用を促進する。