エスワティニにおける標的次世代シーケンシングの導入は、日常診断で検出されないリファンピシンおよびベダキリン耐性を同定した

概要

標的次世代シーケンシングにより、rpoB I491Fによるリファンピシン診断エスケープと、Rv0678変異に起因するベダキリン耐性の高率な併存が明らかになりました。日常検査は耐性を過小評価しており、tNGSに基づく治療変更は患者の53%で行われ、転帰情報のある症例で治療成功率は88%でした。レジメン見直しとシーケンシング監視の拡充を支持します。

主要発見

• tNGSは159株でリファンピシン耐性を検出し、101/159（64%）がrpoB I491Fを有しました。
• ベダキリン耐性を示すRv0678変異は87株で認められ、全RR株の55%、rpoB I491F株の85%が遺伝学的にBDQ耐性でした。
• Xpert Ultra、LPA、MGIT pDSTといった日常診断は耐性を大きく過小分類していました。
• 詳細データのある患者では、tNGSに基づくレジメン変更が53%（31/59）で行われ、治療成功率は88%（52/59）でした。

臨床的意義

高負荷地域のプログラムは、rpoB I491FおよびRv0678変異の検出にtNGSを組み込み、DSTアルゴリズムを改訂し、ベダキリン耐性が高頻度の地域ではBPaLMレジメンの再検討が必要です。耐性分類と監視体制の国際的な更新が求められます。

限界

• 観察研究であり複雑症例に偏る選択バイアスの可能性
• 詳細な臨床転帰は一部（n=59）のみで、全変異に対する表現型確認は限定的

今後の方向性

高負荷地域でのtNGSの拡大、迅速トリアージアルゴリズムへの統合、高頻度のBDQ耐性地域におけるBPaLM代替などのレジメン適応を前向きに評価する研究が必要です。