血液培養由来の細菌細胞を精製した迅速全ゲノムシーケンシングによる血流感染の次世代診断

概要

陽性血液培養からのリアルタイムLC-WGSは、単独感染で98%、多菌感染で88%の精度で約2.6時間で菌種同定し、約4.2時間で臨床的に重要な耐性遺伝子を94%の精度で特定しました。病原因子型別、血清型判定、アウトブレイクの系統解析にも対応可能でした。

主要発見

• 単独感染で98%（65/66）、多菌感染で88%（14/16）の精度で約2.6時間で種同定を達成（SoC対照）。
• 臨床的に重要な耐性プロファイルにおいて、約4.2時間で94%（58/62）の精度で耐性遺伝子（アリル変異）を特定。
• 血液培養材料から直接、in silico血清型判定、ビルレンス因子型別、アウトブレイク調査のための系統ゲノミクス解析が可能。

臨床的意義

LC-WGSを検査室に統合することで、敗血症における原因菌同定と耐性予測を前倒しし、早期の抗菌薬適正化（エスカレーション／デエスカレーション）と感染制御対応の迅速化が期待されます。

限界

• 概念実証段階で症例数は限定的（前向きに収集した陽性血液培養）。臨床アウトカムへの影響は未評価。
• 多様な病原体および培養前の直接検体での性能検証が今後必要。

今後の方向性

LC-WGSに基づく治療が適切抗菌薬到達時間、臨床転帰、費用対効果に与える影響を検証する多施設実装研究や、採血直後検体での評価が求められます。